A ausência de fator antinúcleo (FAN) exclui o diagnóstico de lúpus eritematoso sistêmico (LES).

O achado de um FAN com padrão homogêneo pode estar relacionado a alguns autoantígenos, como, por exemplo, o anti-DNA, o anti-histona e o anti-Ro.

O padrão pontilhado fino denso geralmente é encontrado em indivíduos saudáveis, sem evidência de doença reumatológica, mesmo em altos títulos.

O anti-DNA (dupla hélice) é um anticorpo com baixa especificidade para LES, embora tenha correlação com a glomerulonefrite proliferativa e com a atividade da doença.

O FAN com padrão pontilhado fino está associado a alguns autoantígenos, como, por exemplo, o anti-Sm e o anti-U1-RNP, ambos relacionados, com frequência, à síndrome de Sjögren.