Subordina-se ao Controle Externo, razão pela qual os responsáveis pelo controle interno, ao tomarem conhecimento de qualquer irregularidade ou ilegalidade, dela darão ciência ao Tribunal de Contas da União, sob pena de responsabilidade solidária.

Em recente decisão, o STF não considerou usurpação de competência do TCU por parte da CGU, representante do Controle Interno do Poder Executivo Federal fiscalizar recursos federais repassados aos municípios.

Os Poderes Legislativo, Executivo e Judiciário manterão, de forma integrada, sistema de controle interno. Considera-se como uma das suas finalidades constitucionais realizar a fiscalização contábil, orçamentária, operacional e patrimonial da União e das entidades da administração direta e indireta quanto à legalidade, legitimidade, economicidade, aplicação das subvenções e renúncia de receitas.

Uma das finalidades do sistema de controle interno do Poder Judiciário Federal reside na avaliação do cumprimento das metas previstas na lei orçamentária anual, a execução dos programas de governo e dos orçamentos da União.

Reza como uma das atribuições do sistema de controle interno federal a comprovação da legalidade e a avaliação dos resultados, quanto à eficácia e eficiência, referentes à aplicação de recursos públicos por entidades de direito privado. A interpretação deste artigo permite a CGU, por exemplo no âmbito federal, acessar documentos pertencentes a empresas contratadas pelo poder público que com elas se encontrem, haja vista a relação contratual decorrente da compra de bens e serviços por parte do Poder Público.