Em relação ao ecocardiograma transesofágico (ETE), o diagnóstico diferencial de vegetações provenientes da endocardite infecciosa (EI) ocorre em estruturas naturais, como o espessamento, a degeneração e a cordoalha valvar, e em estruturas nodulares, encontradas sobretudo em valva aórtica nativa, como as excrescências de Lambl e os nódulos de Arantius. Dificuldade maior encontra-se na diferenciação morfológica de pequenas vegetações e de fios de sutura cirúrgica ou de estruturas denominadas filamentos de fibrina.
As recentes diretrizes sobre EI da SEC, baseadas em dados derivados de um número limitado de estudos, recomendam a realização de novo ETE em um período de 7 a 10 dias, para o diagnóstico da EI, nos pacientes que permanecem com alta probabilidade clínica de EI, quando o primeiro ETE de boa qualidade foi negativo. Adicionalmente, na suspeita de infecção por Staphilococcus aureus, orienta-se a realização do ETE em um intervalo de tempo inferior.
