O funcionário formalmente designado para execução do processo de credenciamento no SIAFI responderá integralmente pelo uso do sistema pelos operadores por ele cadastrados, e será obrigado a cumprir os requisitos de segurança instituídos pelo SERPRO, expondo-se às consequências das sanções penais ou administrativas cabíveis.

A implantação do SIAFI foi viabilizada após a criação, em 1986, da Secretaria Federal de Controle Interno, com o objetivo de promover a modernização e a integração dos sistemas de programação financeira, de execução orçamentária e de contabilidade.

O SIAFI foi utilizado inicialmente apenas pelo Poder Executivo, expandindo-se de forma gradual pelos demais poderes a partir da percepção, pelos usuários, das vantagens oferecidas pelo sistema.

Mesmo na modalidade de uso parcial, o SIAFI substitui a contabilidade da unidade, não sendo necessário o envio de balancetes e balanços para integração pelas unidades setoriais do sistema.

Como se trata de um sistema online de âmbito nacional, o acesso para registro de documento ou para consulta no SIAFI é feito mediante cadastro em tempo real, com autorização automática.