O diagnóstico da presença de lesão de cárie em fossas e fissuras com esmalte pigmentado é difícil, pois o tom marrom pode ser indicador de atividade de cárie, de apenas uma alteração superficial do esmalte sadio ou, até mesmo, de uma lesão inativa.

O exame tátil com sonda exploradora não proporciona melhora significativa quando comparado com o exame visual para o diagnóstico de lesões em esmalte.

O grande diferencial da lesão cariosa de superfície proximal, quando comparada às lesões das demais superfícies dentárias, é a limitação anatômica imposta à sua observação; assim, o diagnóstico clínico é dificultado e o exame radiográfico assume importante papel.

A lesão de mancha branca, primeira manifestação clínica de uma lesão de cárie, pode ser facilmente identificada em superfícies lisas; já em regiões de cicatrículas e fissuras, mesmo estando limpas, secas e bem iluminadas, sua visualização é impossível.