O Inquérito deverá ser concluído, por meio de relatório circunstanciado, no prazo máximo de trinta dias, a contar da data de sua instauração até a ciência e o "de acordo" do Tribunal Marítimo.

Caso não seja possível incluir o prazo de notificação e defesa prévia dentro dos trinta dias, ou havendo necessidade de prorrogação por outro motivo objetivamente fundamentado, o Encarregado do Inquérito deverá solicitar a prorrogação ao Distrito Naval (DN), com informação ao Tribunal Marítimo (TM) e Diretoria de Portos e Costas (DPC).

Se houver possível responsável (indiciado), serão necessários a notificação e dez dias para Defesa Prévia.

Em situações especiais e excepcionais, em que o Inquérito não tenha sido concluído no prazo máximo de um ano, a prorrogação será autorizada somente pelo Tribunal Marítimo, que avaliará o pedido devidamente circunstanciado e decidirá a respeito.

O andamento de um IAFN será obstado pela falta de depoimento de pessoas ausentes ou desaparecidas. Nesses casos, o Encarregado do Inquérito deverá comunicar o fato ao Tribunal Marítimo, fazendo constar tal circunstância do Relatório, e solicitar arquivamento.