O município não se encontra localizado em nenhuma Bacia Hidrográfica, sendo seus Recursos Hídricos possibilitados somente por poços artesianos e a construção de diversos açudes.

O município está localizado na Bacia Hidrográfica do Rio Coreaú, principal afluente do Rio Parnaíba.

O município está localizado na Bacia Hidrográfica do Rio Salgado, afluente do Rio Jaguaribe, tendo ainda os Riachos Bálsamo, Jenipapeira e Poços. Brejo Santo conta também com o Açude Atalho.

O município está localizado na Bacia Hidrográfica do Rio Paranaíba, afluente do Rio Acaraú.

O município está localizado na Bacia Hidrográfica do Rio Batateiras, principal afluente do Rio Coreaú e conta ainda com o Açude dos Carneiros.