Na aplicação da pena, caso haja mais de uma agravante e mais de uma atenuante, o juiz poderá limitar-se a uma só agravação ou uma só atenuação, mas não poderá fazê-lo no tocante às majorantes e minorantes.

A suspensão condicional da pena aplica-se a todos os crimes militares — desde que a pena privativa de liberdade imposta não seja superior a dois anos —, podendo perdurar por dois a seis anos — desde que o réu não seja reincidente por crime praticado no país ou no estrangeiro e que os seus antecedentes, sua personalidade e sua conduta posterior, bem como os motivos e as circunstâncias do crime, possibilitem a presunção de que ele não tornará a delinquir.

A imposição das penas acessórias deve ser declarada de forma expressa na sentença, com indispensável fundamentação, admitindo-se a cominação da perda do posto e da patente pelo juízo de primeiro grau nos casos de condenação à pena privativa de liberdade por tempo superior a dois anos, vedada a declaração da pena de indignidade ou incompatibilidade para o oficialato.

O magistrado, na aplicação da pena, ao reconhecer a presença de circunstâncias atenuantes, poderá diminuir a pena abaixo do mínimo previsto na lei penal militar, em face da existência de crimes para os quais não seja prevista pena mínima e da possibilidade de reconhecer o ato praticado como infração disciplinar.

No trato do concurso de circunstâncias agravantes e atenuantes, deve o magistrado dar preponderância às de natureza subjetiva, entendidas como as que resultem dos motivos determinantes do crime, da personalidade do agente e da reincidência.