O SNA, sob a supervisão técnica exercida pelos órgãos de controle interno e externo em consonância com as diretrizes exaradas pelo Conselho Nacional de Saúde, compreende os órgãos que forem instituídos em cada nível de governo, sob a supervisão administrativa da respectiva direção, sendo o Departamento de Controle, Avaliação e Auditoria o órgão de atuação do SNA no plano federal.