De acordo com o roteiro metodológico para gestão de Área de Proteção Ambiental do IBAMA, o meio físico, o meio biótico e os aspectos socioeconômicos devem ser analisados em instâncias paralelas e independentes, seguindo-se uma abordagem por geoprocessamento, para serem, depois, integrados no zoneamento à luz dos condicionantes e cenários, de maneira que resultem nas normas ordenadoras.