Objetos pessoais da família Real, fósseis de dinossauros, sarcófagos, múmias e artefatos indígenasfaziam parte do acervo do Museu Nacional.

Foi salvo do fogo o fóssil humano, o crânio de Luzia, sendo considerado o mais antigo encontrado nas Américas. Descoberto em Minas Gerais, pertence a uma mulher que viveu há mais de 11 mil anos.

Ao final do Estado Novo, em 1946, o Museu Nacional passou para a tutela do Colégio Pedro II, por ter a excelência acadêmica dos dois maiores momentos da história do Brasil: o tempo do Império e o surgimento da República.

Foi criado por determinação de D. João VI, durante o Período Joanino, fase da colonização brasileira que se iniciou em 1808, quando a família Real Portuguesa se mudou para o país, e se estendeu até 1822, quando foi declarada a Independência do Brasil.