O meio de cultura preparado em laboratório deve ter seu desempenho avaliado utilizando cepas controle de referência, como Escherichia coli ATCC 25922, Staphylococcus aureus ATCC 25923 e Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, a fim de verificar seletividade e reprodutibilidade.

O controle interno da qualidade em microbiologia clínica limita-se à verificação do crescimento microbiano em culturas, sendo a utilização de controles positivos e negativos desnecessária quando se empregam métodos moleculares, uma vez que estes são considerados intrinsecamente confiáveis.

O nível de biossegurança exigido para manipulação de microrganismos de risco 3 (como Mycobacterium tuberculosis) em laboratórios clínicos pode ser reduzido para BSL-2 caso haja monitoramento rigoroso de esterilização e uso adequado de EPI, uma vez que estas medidas garantem proteção equivalente.

O controle de esterilização em autoclaves é realizado preferencialmente com indicadores químicos de classe I, que mudam de cor quando expostos ao calor, sendo considerados padrão-ouro por confirmarem a eliminação de todas as formas microbianas, inclusive esporos.