A maioria dos imunossupressores atualmente em uso tem efeitos colaterais como pancreatite, aumento na incidência de cálculos biliares e risco de desenvolvimento de tumores.

Uma classe de agentes imunossupressores empregados no início da era dos transplantes, e rapidamente abandonados devido à sua toxicidade, são aqueles que promovem depleção de células T por meio de anticorpos policlonais ou monoclonais contra linfócitos.

A isquemia e reperfusão que ocorre durante a captação, preservação e reperfusão do órgão, resulta em dano oxidativo no enxerto.

Tipicamente, a rejeição ao enxerto ocorre nos primeiros 3 meses após o transplante, sendo praticamente inexistente após esse período devido ao fenômeno da tolerância.