A broncoscopia com biopsia transbrônquica é um procedimento relativamente seguro; sua principal complicação é o sangramento, com incidência em torno de 2,5%.

Todo procedimento de biopsia transbrônquica deve ser seguido de radiografia de tórax, para avaliação de pneumotórax.

A ventilação mecânica é um das contraindicações absolutas para realização de biopsia transbrônquica devido ao alto risco de pneumotórax, exceto se realizada drenagem profilática do tórax.

Nas doenças intersticiais difusas, a biopsia transbrônquica não é o procedimento inicial de escolha, uma vez que a fibrose instalada dificulta a obtenção de parênquima pulmonar para análise histológica.

A biopsia transbrônquica é indicada para pacientes pós-transplante pulmonar, quando necessária diferenciação entre infecção e rejeição do órgão.