O nitrogênio na forma de nitrato é tóxico aos peixes.

O nitrogênio na forma de amônia livre está associado a doenças em seres humanos, como a meta-hemoglobinemia.

Os processos de nitritação e nitratação, que ocorrem em estações de tratamento de esgotos, aumentam a concentração de oxigênio dissolvido e a alcalinidade da massa líquida.

Em unidades de sedimentação de esgoto sanitário em estações de tratamento, a ocorrência não controlada do processo de desnitrificação pode comprometer a sedimentabilidade do lodo e a qualidade do efluente tratado.

Uma vez que o nitrogênio é um elemento inibidor do crescimento de microrganismos, é indesejável a presença de nitrogênio nas etapas biológicas do tratamento de esgoto.