Por ter natureza administrativa, o ANPC dispensa homologação judicial, produzindo automaticamente a extinção do processo, cabendo ao juiz apenas tomar ciência do acordo para fins estatísticos.

A homologação judicial do ANPC exige controle pleno de mérito pelo magistrado, sendo lícito ao juiz negar a homologação se discordar dos critérios de conveniência e de oportunidade adotados pelo Ministério Público na negociação.

O ANPC configura negócio jurídico-processual típico, razão pela qual, uma vez homologado, implica a extinção do processo com resolução de mérito, nos termos do art. 487, III, b, do Código de Processo Civil, vinculando o juiz ao conteúdo obrigacional pactuado entre as partes.

Sendo o ANPC espécie de transação civil, sua celebração exige a participação e anuência obrigatória do ente público lesado, não sendo admitida solução consensual apenas entre o Ministério Público e o investigado.

A celebração do ANPC suspende automaticamente todos os prazos processuais até a manifestação judicial, dispensando-se o controle de legalidade previsto no Código de Processo Civil e na própria Lei de Improbidade Administrativa.