A homologação da transação penal não faz coisa julgada material, autorizando ao Ministério Público, caso haja descumprimento de seus termos, dar continuidade à persecução penal.

Compete ao Juizado Especial Federal Criminal processar e julgar os feitos de competência da Justiça Federal relativos às infrações de menor potencial ofensivo, respeitadas as regras de conexão e continência.

Os institutos da transação penal e da composição dos danos civis não devem ser observados quando houver reunião de processos, perante o juízo comum ou o tribunal do júri, decorrentes da aplicação das regras de conexão e continência.

A recusa do Ministério Público em propor a suspensão condicional do processo, quando presentes todos os pressupostos legais, autoriza o juiz a remeter a questão ao Procurador-Geral, em analogia ao disposto no Art. 28 do Código de Processo Penal.

Nos crimes de competência dos juizados especiais criminais, a possibilidade de celebração da composição dos danos civis é cabível em qualquer ação penal.