Vacinação em massa da população bovina, com vacina polivalente. Em casos de áreas livres, se ocorrerem focos e houver a decisão de vacinar a população, a vacina poderá ser monovalente para o tipo de vírus que produziu o foco.

No Brasil é obrigatório que, após os 2 anos de idade, os bezerros sejam vacinados pelo menos 4 vezes, e posteriormente a cada 6 meses, sendo que os esquemas e épocas de vacinação são fixados pelo Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento e ocorrem de forma simultânea em todo o país.

Rigoroso controle de trânsito, tanto da população bovina quanto das demais espécies.

Em países, áreas e/ou regiões livres de febre aftosa, além do controle de trânsito e procedimentos de quarentena, no caso de ocorrência de foco, se adotará o sacrifício compulsório dos animais enfermos com posterior indenização.