o fato de que os fundos públicos, em regra, possuem personalidade jurídica aumenta a sua complexidade operacional, incrementando os custos de transação na gestão financeira.

a possibilidade de criação e extinção de fundos públicos por decreto expedido pelo Chefe do Poder Executivo confere baixa densidade normativa ao planejamento financeiro.

os fundos públicos são exemplos de regulação financeira do tipo sunset provisions, devendo necessariamente ser criados com prazo máximo de vigência.

a sua criação aumenta a rigidez orçamentária, reduzindo o grau de discricionariedade do administrador e do legislador na decisão de utilização dos recursos arrecadados.

a criação de fundos públicos conflita com a necessidade de conferir maior transparência à utilização dos recursos públicos.