Os funcionários públicos em cargos comissionados não possuem direito às férias remuneradas.

Os funcionários públicos em cargos comissionados não possuem direito ao vale-transporte.

O funcionário ocupante de cargo em comissão tem pleno direito de receber a multa de 40% sobre o Fundo de Garantia do Tempo de Serviço, quando de sua exoneração.

Em caso de exoneração de um funcionário público em cargo comissionado, este tem direito à remuneração proporcional referente ao 13o salário e às férias acumuladas no período em exercício.

Apesar de não possuir direito de usufruir de licenças como o servidor público, o funcionário público em cargo comissionado usufrui de direitos e benefícios garantidos pelo Estatuto do Servidor.