O instrumento responsável pela alimentação do Sinan é a ficha individual de investigação.

O sistema deve ser operacionalizado a partir do nível administrativo estadual para o nível administrativo federal.

Os municípios que não alimentam o banco de dados do Sinan, por dois meses consecutivos, são suspensos os repasses dos recursos do Piso de Assistência Básica.

A ficha individual de investigação deve ser preenchida para cada paciente quando da suspeita da ocorrência de problema de saúde de notificação compulsória ou de interesse nacional, estadual ou municipal.