O PNEFA tem como objetivos a erradicação da febre aftosa em todo o Território Nacional e a sustentação dessa condição sanitária por meio da implantação e implementação de um sistema de vigilância sanitária apoiado na manutenção das estruturas do serviço veterinário oficial e na participação da comunidade. Seus objetivos encontram-se inseridos no Plano Hemisférico de Erradicação da Febre Aftosa, que busca a eliminação da doença em toda a América do Sul. Fazem parte das medidas prioritárias nas zonas livres EXCETO: