Sempre que um paciente tem lesões de mucosa intestinal, decorrentes de alergia ao leite de vaca, apresenta, também, intolerância secundária à lactose, embora o inverso não aconteça.

O teste de tolerância oral de lactose ou o teste do hidrogênio molecular (H2) expirado devem ser indicados em todos os pacientes com suspeita de alergia à proteína do leite de vaca para diagnóstico diferencial.

De modo diferente da alergia à proteína do leite de vaca, a deficiência ontogenética da lactase é um evento comum e as manifestações clínicas são tardias.

Para diferenciar alergia ao leite de vaca de uma intolerância à lactose em crianças pré-escolares, não é correta a atitude de proibir o uso temporário de fórmulas poliméricas que contenham proteína do leite de vaca, mas isentas de lactose.

A enteropatia, induzida por proteínas alimentares (EIPA), não costuma ocasionar impacto negativo na nutrição da criança e não costuma ser acompanhada de intolerância à lactose, pois é uma reação imediata, mediada por ige.