Na microscopia de contraste de fase, quando feixes de luz passam através de objetos de diferentes densidades, o comprimento de onda de um feixe se move fora de “fase” em relação ao outro feixe de luz.

Na microscopia eletrônica, utiliza-se uma lâmpada de mercúrio, de halogênio ou de vapor de xenônio de alta pressão que emite um comprimento de onda mais curto daquele emitido pelo microscópio tradicional.

Na microscopia de fluorescência, são utilizados compostos denominados fluorocromos que podem absorver comprimentos de onda curtos da luz ultravioleta ou ultra-azul e emitir energia no comprimento de onda maior visível.

As mesmas lentes objetiva e ocular, utilizadas nos microscópios de campo claro, são utilizadas no microscópio de campo escuro; entretanto, um condensador especial é utilizado para impedir que a luz transmitida ilumine diretamente a amostra.

Existem dois tipos de microscopia eletrônica: o microscópio eletrônico de transmissão, em que os elétrons semelhantes à luz passam diretamente através da amostra, e o microscópio eletrônico de varredura, cujos elétrons encobrem a superfície da amostra em ângulo e uma imagem tridimensional é produzida.