Parte I que explicita as responsabilidades a que os entes signatários estão submetidos em relação à organização do SUS.

Parte II que explicita as responsabilidades executivas dos entes signatários.

Parte III que dispõe sobre as responsabilidades orçamentário-financeiras do contrato.

Parte IV que dispõe sobre as responsabilidades pelo monitoramento do contrato.

Parte V que dispõe sobre a avaliação de desempenho e auditoria do contrato.