Em cerca de 1% dos casos, o uso da Clozapina pode causar agranulocitose, cujos sintomas físicos iniciais podem ser dor de garganta, febre e fraqueza.

A clozapina deve ser descontinuada se a contagem sanguínea de leucócitos for inferior a 2500 por milímetros cúbicos ou de granulócitos for inferior a 2000 por milímetros cúbicos.

O risco de convulsões fica em torno de 4% naqueles que tomam doses de Clozapina superiores a 600 mg/dia.

A Clozapina demonstrou ser o tratamento farmacológico mais eficaz para pacientes com Esquizofrenia que não responderam a terapias habituais, além de comprovado seu benefício ao paciente que tem discinesia tardia.

O uso isolado de Clozapina pode induzir a sintomas obsessivos-compulsivos.