Um dos desafios na utilização de fluxogramas é garantir que todos os envolvidos no processo compreendam e utilizem a mesma notação e simbologia, o que pode ser superado através da padronização e de treinamento.

A criação de fluxogramas é um processo simples e intuitivo que não requer a participação de especialistas ou o uso de ferramentas específicas.

Fluxogramas são limitados a processos lineares e não podem ser aplicados a processos complexos com múltiplas interdependências e retroalimentações.

A atualização constante de fluxogramas é desnecessária, pois os processos organizacionais sofrem poucas alterações significativas ao longo do tempo.

Fluxogramas são úteis para documentar processos existentes, mas não contribuem para a identificação de melhorias ou inovações.