Os principais objetivos do Ministério da Saúde em relação à malária são: reduzir a mortalidade e a gravidade dos casos, reduzir a incidência, manter a doença ausente em locais onde a transmissão foi interrompida e eliminá-la do Brasil. Conforme previsto no Guia de tratamento da malária no Brasil do Ministério da Saúde, 2020:
