Os agrotóxicos na água podem ser determinados por meio do espectrofotômetro de absorção atômica.

A tecnologia convencional de tratamento de água para consumo humano não é efetiva para remoção de agrotóxicos, em especial os organoclorados, sendo utilizado o carvão ativado para remoção dos agrotóxicos por meio da operação unitária adsorção.

Os agrotóxicos do tipo organonitrogenados e carbamatos têm seu uso proibido no Brasil, devido a sua elevada toxicidade em água.

Os agrotóxicos que já são proibidos no Brasil, como BHC e DDT, não apresentam padrão na portaria de potabilidade d'água para consumo humano.

Os agrotóxicos, por serem substâncias orgânicas, têm alta biodegradabilidade, por esta razão têm baixa persistência no meio ambiente.