As cânulas de drenagem e retorno podem ser aramadas ou plásticas. As cânulas de drenagem são preferencialmente utilizadas, pois é menos provável que se angulem, especialmente durante a movimentação dos pacientes.

Em paciente com indicação da ECMO por hipercapnia, sugere-se que, inicialmente, o fluxo de sangue seja baixo e o fluxo de gás fresco elevado, sendo ajustados, em seguida, com o objetivo de manter o pH em valores próximos a 7,40 e a PaCO₂ em valores próximos a 40mmHg.

A ECMO venosa está indicada no contexto de choque cardiogênico, no qual o paciente apresenta baixo débito cardíaco e hipoperfusão tecidual, a despeito da otimização hemodinâmica com reposição volêmica, utilização de inotrópicos, vasopressores ou vasodilatadores e/ou balão de contrapulsação aórtica.

A ECMO venoarterial é preferencialmente utilizada em pacientes com função cardíaca preservada ou moderadamente reduzida, sendo a modalidade de escolha em pacientes com insuficiência respiratória hipoxêmica e insuficiência respiratória hipercápnica.