A cultura de secreção traqueal pode ser útil na escolha dos agentes antimicrobianos, principalmente no caso de isolamento de Staphylococcus aureus, juntamente com o encontro de germes Gram-positivos intracelulares e numerosos polimorfonudeares na coloração de Gram.

As infecções adquiridas dentro da Unidade são normalmente polimicrobianas.

O isolamento de Candida albicans em secreção traqueal deve ser valorizado, em vista das altas chances de infecção primária pulmonar com este agente, e a terapia a ser instituida deve ser Fluconzaol 800 mg de ataque seguido por 400 mg/dia.

Entre as possíveis medidas para se tentar diminuir as chances de contaminação respiratória a partir da flora do tubo digestivo estariam: uso de protetores gástricos que não elevam o pH gástrico, regulagem do ventilador impedindo que o doente faça grandes esforços inspiratórios, uso de decúbito elevado e baixa velocidade de infusão de dieta enteral.