De acordo com a localização do mesoderma, este pode ser classificado em paraxial, intermediário e lateral. Uma doença congênita rara conhecida como disgenesia caudal (sirenomelia) é desencadeada quando o mesoderma intermediário é formado de maneira insuficiente. Esta condição, resulta em uma série de malformações severas que afetam várias partes do corpo. A formação insuficiente do mesoderma intermediário afeta diretamente: