A administração do Instituto Federal Farroupilha é complexa e exercida por diversos órgãos, dentre os quais se destacam a Presidência, a Diretoria de Finanças e a Diretoria de Marketing.

O Gabinete do(a) Reitor(a), as Pró-Reitorias, a Procuradoria Federal, a Auditoria Interna e os Órgãos de Assessoramento compõem a Reitoria.

Pelo Regimento, o reitor deve dedicar-se a questões acadêmicas e, portanto, não pode firmar acordos, convênios, contratos e ajustes.

A Comissão de Ética do Instituto Federal Farroupilha deve agir mediante provocação, não tendo autorização para apurar de ofício fato ou conduta em desacordo com as normas éticas.

Identificar e interpretar o grau de satisfação dos usuários com relação aos serviços públicos prestados é atribuição da Reitoria.