O financiamento da assistência farmacêutica prevê, além dos componentes destinados aos medicamentos e insumos, um componente específico destinado à organização da assistência farmacêutica.

A execução da assistência farmacêutica no Sistema Único de Saúde deve ser desenvolvida de forma sistêmica e descentralizada e o ciclo da assistência farmacêutica abrange a articulação de componentes de natureza técnica, científica e operativa.

Na esfera privada, em geral hospitais têm autonomia na administração de todas as etapas do ciclo da assistência farmacêutica, não tendo vínculo com outros serviços do Sistema Único de Saúde.

O componente básico da assistência farmacêutica abrange os medicamentos que dão suporte às ações de atenção primária em saúde.

A seleção de medicamentos é uma etapa importante da Assistência Farmacêutica, pois, visa garantir o acesso a medicamentos eficazes, seguros e de custo-efetivos. Escolher formas farmacêuticas com maior flexibilidade posológica e evitar associações não são critérios técnicos que devem ser observados na seleção, segundo documentos do Ministério da Saúde.