Dentre as fases e procedimentos, em planejamento ambiental, a estruturação geral das fases de planejamento deve ser feita iniciando com a definição de objetivos, passando para um inventário dos bancos de dados existentes, realização de diagnóstico, seguida de um prognóstico, para tomada de decisão e formulação de diretrizes.

Durante o prognóstico de um estudo ambiental, são caracterizados os meios físico, biótico e socioeconômico.

Existem diversos instrumentos de planejamento ambiental, dentre eles o Zoneamento e o Plano de Manejo.

Durante a fase de diagnóstico de um estudo ambiental, é feita uma descrição detalhada de todos os meios (físico, biótico e socioeconômico), desse modo, esta etapa representa uma base para compreender as potencialidades e fragilidades da área de estudo.

É muito comum adotar a bacia hidrográfica como unidade de planejamento ambiental já que esta constitui um sistema natural bem delimitado no espaço. Além disso, o CONAMA 001/86 define que a bacia hidrográfica deve ser considerada como o limite da área geográfica a ser afetada direta ou indiretamente por projetos.