A perfuração do cólon durante uma colonoscopia diagnóstica provavelmente é pequena, menor que uma perfuração em uma colonoscopia terapêutica, por exemplo. Por esse motivo, perfurações em colonoscopias diagnósticas têm mais chance de sucesso com o tratamento conservador.

O sangramento clinicamente significativo após uma polipectomia geralmente se manifesta de quatro a seis dias após o procedimento. São fatores de risco para sangramento: pacientes em uso de anticoagulação, hipertensão, pólipos maiores e de pedículo largo, uso de aspirina e anti-inflamatórios.

A síndrome pós-polipectomia pode se manifestar com dor abdominal, febre, leucocitose e até com sinais de peritonite localizados. A grande maioria dos pacientes é tratada de forma conservadora com repouso intestinal, hidratação endovenosa e antibioticoterapia.

Os microrganismos mais comumente transmitidos por processos de inadequada higiene do aparelho são Shigella, E. coli e Klebsiella.