O microscópio de contraste de fase foi desenvolvido para aumentar a diferença de contraste entre as células e o meio circundante, possibilitando a observação de células não coradas.

A microscopia de contraste de fase baseia-se no princípio das células apresentarem índice de refração diferente do meio, levando-as a desviar parte dos raios luminosos que as atingem.

A microscopia de campo escuro utiliza um microscópio luminoso equipado com uma objetiva e um condensador especial para iluminar os micro-organismos em uma amostra, contra um fundo escuro.

Na microscopia de fluorescência um espécime é corado com um corante fluorescente que absorve a energia da luz com comprimentos de onda curtos, como da luz azul. O corante então, libera ou emite luz de um comprimento de onda maior, como da luz verde.

Na microscopia de campo claro utiliza-se uma fonte de luz direta, os raios de luz que incidem em um objeto no espécime são desviados e então refocalizados pelas lentes objetivas. Porém, para o uso dessa técnica, geralmente, requer que as células dos micro-organismos sejam tingidas com corantes para facilitar a visualização das estruturas e da motilidade da célula.