O controle interno pode ser classificado em operacional, contábil e normativo.

A estrutura do controle interno é composta, entre outros itens, pelo ambiente de controle. Este deve demonstrar o grau de comprometimento em todos os níveis da administração com a qualidade do controle interno em seu conjunto.

O controle interno deve ser exercido em todos os níveis da entidade do setor público, compreendendo: a) a preservação do patrimônio público; b) o controle da execução das ações que integram os programas; c) a observância às leis, aos regulamentos e às diretrizes estabelecidas.