Muitos jesuítas declaravam que estavam na América portuguesa em nome do rei e do Papa e que, em função disso, “exigiam” respeito e obediência de todos os moradores, inclusive, das autoridades políticas e religiosas. O padre Nobrega, em carta ao padre Simão Rodrigues, em 1550, afirmou que tinha dois desejos desde que havia chegado às terras brasileiras: o primeiro era ver os cristãos se comportando como tal e o segundo era que os índios aceitassem a conversão verdadeiramente, adotando a Igreja católica como mãe.