Os processos de avaliação de instituições públicas ou privadas será diferenciado, considerando que como o Poder Executivo é responsável pela avaliação das instituições, mas também por sua manutenção, este dará tratamento específico às instituições públicas no processo avaliativo, considerando as condições objetivas que foram oferecidas pelo mantenedor.

O Sistema de avaliação do ensino superior, no interior das instituições que é realizado na forma de autoavaliação institucional ou avaliação interna é uma medida a ser superada considerando que não contribui para a qualidade das instituições em função da fragilidade e da pouca participação da comunidade educativa.

A avaliação institucional interna ou autoavaliação é um modelo pronto, realizado por agentes externos, que se direcionarão à universidade para a realização das reuniões em que se analisarão os resultados. Estes avaliadores especialmente selecionados e capacitados pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Anísio Teixeira - INEP realizarão os encontros, debates e reflexões sobre o que fazer, como agir e como acompanhar a ação.

A regulação, aplicada aos sistemas educativos caracteriza-se como uma intervenção externa que ao estabelecer as regras que orientam o funcionamento do sistema e o (re) ajustamento das várias ações e sentidos e onde ocorrem diferentes lógicas de ação ocasiona o desequilíbrio e a padronização das instituições, inviabilizando a instalação de processos de inovação.

Os cursos e instituições avaliados como apresentando fragilidades e deficiências, receberão um prazo para saneamento das deficiências identificadas pela avaliação e se, em processo de reavaliação, não tiverem superado os fatores negativos de sua estruturação poderão sofrer a desativação de cursos e habilitações, ou sofrerem intervenção na instituição, suspensão de prerrogativas de autonomia ou descredenciamento.