Um dos maiores problemas no processo de inseminação nesta espécie é a identificação visual do estro, isto ocorre devido ao comportamento do cio na búfala ser mais discreto que na vaca bovina, pois somente um pequeno grupo de animais apresentam o comportamento homossexual.

Um dos instrumentos que auxiliam a técnica de inseminação artificial é o uso de rufiões, este compreende um macho preparado através de processo cirúrgico que o impede de realizar a cópula, restringindo sua função em somente identificar as fêmeas em cio. Este procedimento pode também ser realizado com o uso de fêmeas androgenizadas conhecidas como rufionas.

A búfala apresenta uma grande variabilidade na duração do estro, fato que dificulta a padronização de um horário para a realização da inseminação artificial, em função deste fato preconiza-se a realização da IA da búfala após o término do estro ocorrendo, portanto, no período de metaestro.

A inseminação artificial por tempo fixo (IATF) veio com o objetivo de facilitar a IA já que sua utilização dispensa o período de detecção de cio, entretanto esta é uma técnica inviável em bubalinos devido às concentrações hormonais utilizadas nesta técnica e vendidas no mercado nacional serem próprias somente para vacas bovinas, não causando, portanto, boas respostas em búfalas.

Um aspecto que deve ser levado em consideração na implantação de um programa de IA em bubalinos é o fato de que, em regiões onde há diferenças de luminosidade durante o ano, o búfalo concentra sua atividade reprodutiva nos meses cujos dias apresentam menor quantidade de luz (dias curtos).