Polissacarídeos extracelulares, comumente de origem fúngica, são substâncias que interagem com partículas de argila, promovendo a adesão de células microbianas a partículas de solo.

Valores de pH afetam a solubilidade de minerais na solução do solo, afetando a disponibilidade de nutrientes, como ferro, manganês e zinco, mais disponíveis em valores de pH acima de 7,0.

Interações entre comunidade microbiana e microbioma afetam significativamente a estruturação de comunidades microbianas e regulam funções do solo realizadas pelos microrganismos (decomposição da matéria orgânica e ciclagem de nutrientes).

Em solos alagados cultivados com arroz, ocorre anaerobiose em diferentes micro-habitats devido à baixa atividade respiratória dos organismos aeróbios.

Dependendo da faixa ótima de temperatura para crescimento e atividade, microrganismos podem ser classificados em termófilos (menos de 20 °C), mesófilos (de 20 a 40 °C) e psicrófilos (mais de 40 °C).