A estrutura da numeração da AIH é formada por 13 dígitos e sua formatação possibilita a emissão de até 9.999.999.

As secretarias estaduais de saúde devem adotar a sistemática de geração de suas séries numéricas de AIH e a distribuição aos municípios utilizando aplicativo eletrônico, como forma de evitar erros.

As séries numéricas de AIH para os procedimentos regulados pela Central Nacional de Regulação de Alta Complexidade para os procedimentos de cirurgias eletivas de média complexidade, constantes do Anexo I da Portaria n.º 252/06, são definidas pela secretaria de saúde municipal.