Em linhas gerais, fazem parte da estrutura organizacional do MS: órgãos de assistência direta e imediata ao ministro de Estado; órgãos específicos singulares; órgãos colegiados; entidades vinculadas, que incluem autarquias, fundações públicas, sociedades de economia mista e a Empresa Brasileira de Hemoderivados e Biotecnologia, que é empresa pública. O Instituto Nacional de Câncer, unidade integrante da Secretaria de Atenção à Saúde, vincula-se, técnica e administrativamente, ao ministro de Estado da Saúde.