De acordo com a Portaria 399/06 são seis as prioridades pactuadas:
I-Saúde do idoso;
II-Controle do câncer de colo de útero, de mama e próstata;
III-Fim da mortalidade infantil e materna;
IV-Fortalecimento da capacidade de respostas às doenças emergentes e endemias, com ênfase na dengue, hanseníase, tuberculose, malária e influenza;
V-Promoção da Saúde;
VI-Fortalecimento da Atenção Básica.
