Quando discordar de pedido de arquivamento feito pelo MPF, o juiz federal singular deverá remeter os autos ao procurador-geral da República, de acordo com o CPP.

Se houver delação anônima em crime de ação penal privada, poderá a autoridade policial iniciar o inquérito sem a prévia autorização da vítima, visando resguardar a materialidade do crime.

Caso conclua pela atipicidade da conduta investigada, a autoridade policial poderá determinar o arquivamento do inquérito.

Há diversas normas do CPP que são derivadas do princípio do favor rei, entre as quais estão as referentes à titularidade exclusiva da defesa de fazer uso dos embargos infringentes e de nulidade.

O princípio do contraditório é aplicado indistintamente tanto na fase investigativa quanto durante a ação penal.