A etapa de fixação é fundamental, pois imediatamente após a remoção do organismo, as peças devem ser imersas em líquido fixador, para que o processo de autólise seja interrompido e as estruturas biológicas se mantenham intactas. Os fixadores mais utilizados para microscopia óptica e eletrônica são formaldeído, glutaraldeído e ácido pícrico.

A combinação bicrômica considerada coloração universal em histologia e histopatologia é a hematoxilina e eosina. A hematoxilina, corante natural de origem vegetal, cora os núcleos das células, ricos em substâncias ácidas, os ácidos nucleicos, de roxo-azulado devido ao seu caráter básico. A eosina, atraída pelos elementos básicos das proteínas citoplasmáticas, confere uma coloração rósea avermelhada ao citoplasma, sendo um corante acidófilo.

As navalhas podem ser de diversos tipos, utilizadas conforme a especificidade do material a ser seccionado quanto à sua dureza, ao substrato no qual está incluído e ao tipo de micrótomo no qual será acoplado. As navalhas de aço são tradicionalmente utilizadas em microtomia de material incluído em parafina para microscopia eletrônica, enquanto as navalhas descartáveis, confeccionadas em platina ou diamante, são utilizadas para microscopia óptica.

Dentre os produtos diafanizadores no processamento histológico de rotina, está o xilol, solvente orgânico derivado do petróleo, incolor, volátil, pouco inflamável e com potencial tóxico insignificante. Por ser pouco tóxico, é o mais utilizado, conforme vai penetrando na peça, em substituição ao álcool, tornando a peça mais clara, motivo pelo qual a etapa pode também ser chamada de clarificação.

Na etapa de impregnação, as peças são infiltradas por alguma substância de consistência firme, para que adquiram rigidez suficiente e seja possível a realização de cortes ultrafinos. São vários os materiais utilizados para esse fim, como parafina, resina, ágar, gelatina, goma arábica e celoidina, porém a mais utilizada no processamento histológico de rotina, tanto em microscopia óptica como eletrônica, é a parafina.