Assim como as amostras para exames bacteriológicos ou virológicos, o retardo no processamento das amostras com fungos pode inviabilizar o teste laboratorial, ainda que armazenada a 4°C.

A coloração de Calcoflúor associada com KOH é específica para detecção de ascósporos de Pneumocystis carinii.

Assim como a coloração de Giemsa, o corante de Mucicarmin é útil para detecção de Histoplasma capsulatum intracelular.

A coloração de Gram pode ser útil na detecção de leveduras, como as espécies de Candida ou Cryptococcus ou em hifas de Aspergillus.

Fungos dimórficos exigentes como Histoplasma capsulatum e Blastomyces dermatitidis podem ter crescimento mais lento em meios contendo sangue como o BHI (com 5% a 10% de sangue de carneiro).