Metilações podem ocorrer tanto no DNA quanto em histonas, promovidas pela ação de uma mesma enzima. Em ambos os casos, o resultado é a diminuição da transcrição do gene localizado naquela parte do DNA.

A acetilação e a desacetilação de histonas são processos que influenciam no controle da expressão gênica. A acetilação, em geral, promove a transcrição de genes e desacetilação a inibe.

O sistema operon trp (triptofano) pode ser ativado em humanos por uma dieta rica em triptofano, como, por exemplo, o consumo da carne de peru.

Em bactérias, um exemplo de controle da expressão gênica é o exercido pelo operon lac, que é ativado quando a lactose presente no meio induz a ligação de um coativador à região promotora do gene da lactase.

A associação do DNA com proteínas chamadas histonas não exerce papel regulatório sobre a transcrição de genes em eucariotos, mas sim, na manutenção da integridade do material genético.