O término do processo de autodepuração caracteriza-se pela chamada zona de águas limpas, que ocorre entre 100 a 500 metros a jusante do ponto de lançamento, quando a água volta a apresentar condições satisfatórias com relação às concentrações de oxigênio dissolvido, estando livre de organismos patogênicos e sem residual de matéria orgânica a ser degradada.

Durante a decomposição, há um aumento nas concentrações de oxigênio dissolvido na água por causa da respiração dos decompositores.

A jusante do lançamento de um poluente biodegradável inicia-se a chamada zona de degradação, caracterizada pela diminuição inicial da concentração de oxigênio dissolvido, sedimentação de parte do material sólido e água com aspecto indesejável.

A vazão de diluição é um importante fator na autodepuração, uma vez que quanto menor a vazão do rio, menor será o impacto do poluente lançado, desde que a concentração do poluente a montante do rio seja pequena.